Al fine di garantire il servizio in piena efficienza è necessario eseguire un controllo (minimo annuale) sull'applicazione del sistema HACCP. Tramite una ispezione, se necessario associata con l'esecuzione di tamponi ambientali o sul prodotto, viene verificato il rispetto delle regole riportate nel Piano di Autocontrollo. Il controllo prevede anche l'analisi della conformità degli impianti, la verifica di eventuali modifiche alla destinazione d'uso degli spazzi, il controllo dei requisiti minimi di sicurezza per i lavoratori.